医療費控除の対象になるものは、日本国内にかかわらす、日本国外で支払った医療費についても含まれます。

このとき、治療費を外国通貨で支払った場合には、その支払日の外国為替の電信売相場（TTS）によって円換算した金額を支払った医療費の金額としてください。

医療費控除というのは、居住者だけに適用されるものですので、非居住者には適用されません。

ですから、ご質問の場合のような1年以上の海外勤務の場合は、原則としてその海外勤務期間は、非居住者と推定することになっていますので、その非居住者である期間中に支払った医療費は、当然、医療費控除の対象にはなりません。

しかしながら、ご質問の未払い医療費の支払いの場合は、帰国後の居住者期間中に支払われたものですので、これについては医療費控除の対象になります。