昨年の12月に入院したのですが、その際、保証金として病院に20万円を差し入れました。
そして、本年の1月に退院したのですが、その際、この保証金は入院費用40万円に充当されたため返還されませんでした。
この場合、差し入れた保証金20万円は昨年分の医療費控除の対象になるのでしょうか？

一般的に保証金というのは、いずれ返還されるべき性質のものをいうのですが、病院に差し入れる保証金の場合には、入院費用に充当されて精算されるということも実務的には考えられることです。

よって、ご質問の場合の保証金20万円は、原則としては、入院費用に充当された時に医療費としての支払いがあったとされますので、充当された本年分の医療費控除の対象になります。

では、この保証金が実は、入院費用の内金として支払われたものであるといった場合はどうなるのでしょうか。

この場合には、内金として差し入れたのは昨年、つまり、医療費として充当されたのは昨年になりますので、昨年分の医療費控除の対象になります。

医療費控除の対象になるものは、日本国内にかかわらす、日本国外で支払った医療費についても含まれます。

このとき、治療費を外国通貨で支払った場合には、その支払日の外国為替の電信売相場（TTS）によって円換算した金額を支払った医療費の金額としてください。