医療費控除の計算をするときに、医療費の補てんに充てられる保険金や損害賠償金などがある場合には、その金額を支払った医療費の額から控除するのですが、次のものはこの医療費を補てんする保険金等にはあたらないことになっています。

■死亡したこと、重度障害の状態になったこと、療養のため労務に服することができなくなったことなどに基因して支払いを受ける保険金、損害賠償金

■社会保険または共済に関する法律の規定により支給を受ける給付金のうち、健康保険法の規定により支給を受ける傷病手当金または出産手当金その他これらに類するもの

■使用者その他の者から支払を受ける見舞金等（法令の規定に基づかない任意の互助組織から医療費の補てんを目的として支払を受ける給付金を除きます。）

昨年、入院費と歯の治療費を支払っているのですが、生命保険契約に基づく入院給付金を受け取ったところ、その金額は入院費を超えていました。
このような場合、超えた分は歯の治療費から差し引かなくてはいけないのですか？

支払った医療費について、補てんする保険金等を受け取った場合には、その支払った医療費からその補てんする保険金等を差し引くことになっていますが、この計算は、その補てんの対象とされる医療費ごとに行うことになっています。

つまり、支払った医療費を超える分の金額については、他の医療費からは差し引かなくてもよいということです。

よって、ご質問のような場合にも、入院費を超える入院給付金を受け取ったとしても、その超える分を歯の治療費から差し引く必要はないということになります。