医療費控除の対象になる医療費というのは、実際に支払った年分のものが対象になります。

なので、ご質問の場合には、それぞれの年分の医療費控除の対象になります。

これは、医療費を補てんする保険金等についても同じです。

ご質問の入院費用を補てんする金額には、12月分と1月分のいずれの年分の医療費をも補てんするものであるので、このような場合には、原則として、その保険金の金額を支払った入院費用の額に応じて各年分に按分することになります。

保険者から医療費を補てんした金額の返還請求を受けたということは、結果的には医療費の補てん金額が減額されたことになります。

なので、原則としては2年前の医療費控除額についての是正が必要になります。

ちなみに、偽りその他不正の行為によって保険給付を受けていた場合には、保険者等からその保険給付に要した費用の全部又は一部を徴収されることになっています。