昨年、入院費と歯の治療費を支払っているのですが、生命保険契約に基づく入院給付金を受け取ったところ、その金額は入院費を超えていました。
このような場合、超えた分は歯の治療費から差し引かなくてはいけないのですか？

支払った医療費について、補てんする保険金等を受け取った場合には、その支払った医療費からその補てんする保険金等を差し引くことになっていますが、この計算は、その補てんの対象とされる医療費ごとに行うことになっています。

つまり、支払った医療費を超える分の金額については、他の医療費からは差し引かなくてもよいということです。

よって、ご質問のような場合にも、入院費を超える入院給付金を受け取ったとしても、その超える分を歯の治療費から差し引く必要はないということになります。

まず、そもそも任意の互助組織から医療費の補てんを目的として受け取った給付金についても、医療費の計算上差し引かなくてはいけないのでしょうか？

実はこれについても支払った医療費から控除すべき医療費を補てんする保険金等に当たりますので、差し引かなければなりません。

なので、ご質問の互助会から受け取った出産費を補てんする給付金も医療費の計算上控除する必要があります。

では、保険金等の支払いを受ける人が医療費を支払った人ではない場合、医療費を補てんする保険金等はどうすればいいのでしょうか？

この場合も、医療費の補てんを目的として支払われる保険金等である限り、医療費を補てんする保険金等に該当するとされています。

よって、ご質問の場合にも、妻が支払いを受ける給付金を夫の医療費から控除しなければならないということになります。