医療費控除というのは、本人や本人と生計を共にする配偶者その他の親族に係る医療費を支払った場合に適用することになっています。

この場合の配偶者やその他の親族の範囲についてですが、所得金額や事業専従者でないといった要件はありません。

なので、親族が青色事業専従者で、事業主から専従者給与の支給を受けている人でも、その親族の医療費というのは、その事業主の医療費控除の対象になります。

よって、ご質問の場合ですと、息子さんが、事業主であり父親であるあなたから専従者給与の支給を受けていても、支払った医療費は事業主であるあなたの医療費控除の対象になります。